鸡爪菌 即叉状炭角菌，是近年来危害严重的一种病原真菌，主要发生在鸡腿菇的子实体生长阶段，其子实体酷似鸡爪，俗称为“鸡爪菌”。鸡腿菇菌丝生长时，受土壤中霉菌菌丝侵扰，二者结合扭结发生变态，长成鸡爪菇。发生时呈暗褐色、尖细、基部相连，其菌丝与鸡腿菇争夺养分并抑制鸡腿菇菌丝生长，造成鸡腿菇严重减产，甚至绝产。鸡爪菌多在春末夏初及二潮菇后大量发生，阴暗、温度高、湿度大、通风不良、菌床水分多时易诱发此病。病源为培养基或覆土中携带病原菌。
无公害防治：一是使用优质的纯菌种。二是培养抖中加入0.1%～0.2%的50%多菌灵或克霉王等，抑制杂菌生长。三是堆积发酵要彻底，选用覆土要慎重，必要时进行消毒处理。四是在气温偏高的季节栽培时，最好不脱袋覆土出菇，避免相互传染。五是管理上注意降温、降湿、加大通风、避免菇棚内积水。六是一旦发现鸡爪菌要及时挖除，防止孢子成熟和扩散，并对染病处用无公害的药物处理。
腐烂病 是由细菌引起的常见病害，危害较重。染病予实体初为褐色，后菌盖变黑腐烂，最终只残留菌柄。高温高湿、通风不良时易诱发此病，夏季反季节栽培时发病率高。无公害防治：投料前用石灰水、烧碱等对菇棚进行消毒。空气湿度及覆土含水量要稍低。发病初期可用农用链霉素（浓度100～200毫克/100毫升）防治。及时拔除病菇，以防传染。
褐斑病 染病初期，子实体菌柄和菌盖上出现褐色斑块，逐渐扩大，最终使整个菇体变褐。覆土层和环境的湿度过大及出菇期间喷水不当易诱发此病，夏季反季节栽培时易发生。无公害防治：出菇期覆土含水量不宜过高，以土壤不粘手、表层土露白为宜。出菇期尽量避免向幼菇上喷水，环境湿度大时，应加强通风降湿。
褐色鳞片菇 表现为菌盖表面鳞片多，并呈褐色，是一种生理病害。主要是光照过强、湿度偏低而引起鳞片变色。预防该病发生，出菇期间应做好遮光管理，使其处在弱光下生长，避免强光照，相对湿度在80%～85%，若低于70%时要及时向墙壁和地面喷水。
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