此次发布的《实施细则》有三大监管创新：一是新功能产品实行上市前审评和上市后评价相结合，新功能评价方法原则上必须包括人体试食试验。《实施细则》要求，评价指标及判定标准应科学、明确、可行，并经过验证评价。同时，验证评价应当充分评估实验室间差异，在提出新功能建议前，应当通过符合要求的至少1家食品检验机构或临床试验机构验证评价；同步提出新功能保健食品注册的，在上市后评价期间，应当通过符合要求的至少2家食品检验机构或临床试验机构验证评价。
建立新功能建议和新功能保健食品关联审评审批机制也是一大创新点。《实施细则》规定，任何单位或者个人同步提出新功能建议和对应的新功能保健食品注册申请的，在资料接收、审评、审批等各环节实行关联审查，以制度创新鼓励行业创新，激发产业创新内生动力，促进科研成果向产品上市的快速转化。
第三个创新点表现在探索开展新功能保健食品功能声称分级动态管理方面，实行保健功能分类评价、分级标注。该条款对经营主体最大的吸引力在于，新功能保健食品上市评价后，依据科学共识充足程度对保健食品功能声称实行动态管理，可依据评价结果调整保健功能声称限定用语，用科学监管理念促进产业高质量发展。
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